Налоговая ставка в интернет-магазине (в настройках) - это ставка НДС для конкретного товара или товарной группы. Если Вы - плательщик НДС (применяете общую систему налогообложения - ОСН), ставка указывается в размере 20% или 10% (есть список товаров, облагаемых этой пониженной ставкой).
Если Вы на упрощенной системе налогообложения (УСН), ставку устанавливаете "Без НДС". При этом важно: не 0%, а именно "Без НДС".
И еще одно замечание, если Вы - индивидуальный предприниматель: продажа товаров через интернет-магазины не может переводиться на патентную систему налогообложения (письмо Минфина России от 17.03.2021 № 03-11-11/19095). Таким образом, интернет-магазин может применять либо ОСН, либо УСН.