Здравствуйте! Яндекс Диск по умолчанию хранит все файлы и папки только в облаке, для экономии места на компьютере. Такие папки отмечены белым значком.
В локальной папке отображаются только те данные, для которых вы включили синхронизацию (выбрали опцию «Сохранить на компьютере»). При этом значительная часть информации может находиться только в облаке и отображаться лишь в интерфейсе наших приложений. Именно такие папки отмечаются зелёным значком.
Чтобы удалить файл или папку с компьютера, но оставить его на сервере, воспользуйтесь кнопкой «Хранить только в облаке».
Прочитать о выборочной синхронизации вы можете в Справке: https://yandex.ru/support/disk-desktop-windows/sync-folders.html