Можно задать контрвопрос, "а что сделал лично Суворов в военном деле, что его считают гением войны"?
Замечу, что лично я считаю Суворова таковым.
Но все-таки попробую ответить на Ваш вопрос. Пойдем от противного. Предположим, что Наполеон не воевал без устали двадцать с лишком лет подряд, причем чтобы перечислить все его поражения за эти десятилетия, хватит пальцев на одной руке, а вот победы…
Предположим, что Суворов не называл Наполеона одним из самых выдающихся полководцев в мировой истории, только лишь после одного наполеоновского Итальянского похода. Тем более что сидел Александр Васильевич тогда в ссылке в Кончанском, было ему под семьдесят, небось, и Альцгеймер подкрадывался исподтишка (про грядущие Итальянский и Швейцарский походы забудем).
Предположим, в-общем, что Наполеон никуда армию не водил, а сидел в Париже в ставке и рассылал оттуда приказы.
Так вот, у Наполеона была армия, действовавшая как часы. Причем не так, как у Фридриха II - "армия-автомат" - а армия, командиры которой, и даже солдаты могли принимать самостоятельное решение на поле боя.
Ярчайший пример - Маренго. Наполеон сталкивается с превосходящей армией австрийцев и под ее давлением начинает отходить. В критический момент рядом оказывается французская дивизия Дезе. Дезе - которому, собственно, был отдан совсем иной приказ - мгновенно сориентировался на поле боя и отдал приказ атаковать австрийцев. Однако в самом начале атаки Дезе убивает шальная пуля. Тем не менее дивизия все равно идет в атаку, и австрийцы терпят поражение.
И армия Наполеона послужила образцом для всех последующих армий как минимум лет на сто. Система обученного призыва, социальные лифты в армии ("каждый солдат носит в ранце маршальский жезл"), ее корпоративное единство, единообразная армейская организация (во времена Наполеона это называли "корпусная система"), система военно-офицерских школ etc
Хотя, конечно, могут возразить, что многое из этого изобрел не Наполеон, а до него кто-то еще. Например, Лазар Карно.
ОК, забудем и про это.
Но вот что изобрел именно Наполеон - это Генеральный Штаб армии. Штабы, разумеется, были и до Наполеона, но это были чисто канцелярские (при Суворове в его последних походах "начштаба" был небезызвестный Вейротер) или придворно-канцелярские учреждения. Только начиная со времен Наполеона Генеральный Штаб приобретает положение "мозга армии" (Б. М. Шапошников). Именно благодаря наличию такого штаба Наполеон и мог составлять такие стратегические планы, которые, как сказал известный военный историк А. А. Керсновский, все были великими, независимо от того, удались они или нет.