Яндекс Навигатор предназначен именно для использования во время вождения автомобиля. Под это полностью оптимизирован его интерфейс. Также он показывает изменение дорожной ситуации (пробки, ДТП) в режиме реального времени и может перестроить маршрут на более быстрый. Ещё он показывает скоростные ограничения на текущем участке дороги и предупреждает в случае превышения, а также подсказывает нужную вам полосу движения при приближении к перекрестку. Ну и, конечно, Навигатор использует в основе GPS сигнал, что позволяет ему определять ваше местоположение куда точнее, чем в Картах.
На самом деле и карты тоже могут использовать GPS. А остальные преимущества Навигатора перед Картами уже назвали. Только вот я наоборот, ищу преимущества Карт над Навигатором)
Яндекс карты также работают в Оффлайн через gps