Вопрос только внешнего вида и денежных средств. В металлочерепице, если кровля сложная, всегда больше отходов, т.к. при обрезке "замков" слева/справа листа использовать его уже невозможно. В профнастиле же можно делать перехлест как угодно и на сколько угодно волн.
Оба хуже. Крыть крышу надо только фальцевой кровлей!
Если крыша плоская или почти плоская - берите профнастил, также профнастил можно взять, когда важна надежность, а не внешний вид. Если же вы не слишком ограничены в финансах и хотите, чтобы было красиво - выбирайте металлочерепицу.