Что является причиной иррационального мышления у людей?

Безусловно, ряд сиюминутных преимуществ у иррациональности есть. Кто-то отстаивает позицию, что и в более длительной перспективе, при достаточно простых условиях выживания, это более выигрышный способ функционирования - надёжный и экономный. 

Ведь как известно (если нет, то можно до этого быстро дойти путём рассуждений) - иррациональность в сущности заключается в несоответствии тех установок и правил, которых человек придерживается, контексту окружающей его ситуации. Проще говоря, в ригидных и одинаковых обстоятельствах ригидные убеждения проблемы не составляют.

Даже сейчас, если присмотреться - заметно, что иррациональные верования, обуславливающие тревожные, депрессивные и иные проблемы людей, явственно способствуют тому, чтобы их носители скорее выжили и сохранили те ресурсы, что у них есть. То, что люди при этом в основном оказываются несчастны и душевно помешаны - природе не очень интересно, если её и персонифицировать вообще.

По существу говоря, базисная причина иррационального мышления - врождённое несовершенство мозга и текущей в нём высшей нервной деятельности. В общем-то, это даже не чья-то перспектива, а преобладающий научный консенсус - обширные данные нейробиологии, антропологии и психологии однозначно сходятся в этом пункте; мы не рождаемся безупречными и запрограмированными на максимальную эффективность и счастье. Запрограмированны, если так судить, мы строго на эволюционные императивы: выжить достаточно долго для того, чтобы оставить потомство. И всё.
Но окружающая культура, в лице нас же самих, считает, что это что-то неправильное, ведь по умолчанию жить должно быть легко, здорово, всем положено обязательно счастье и т.п. - и, следовательно, раз это не так, обязательно кто-то людей "ломает", портя им мышление своим паршивым воспитанием и прочим абьюзом. Нет, это конечно тоже играет свою патогенную роль, но уже вторично; социокультурные нормативы и ожидания накладываются на и без того склонный к искажениям и перекосам познавательный процесс.

Ну, точнее даже как - в принципе рождаемся мы достаточно адаптированными в перспективе, но наша, так скажем, базовая комплектация приспособлена для радикально другого образа жизни, чем нынче в подавляющем большинстве ведут цивилизованные люди. А именно - к сожительству стаей в саванне, где люди коллективно добывают пищу охотой и собирательством, и тому подобное.

Можно резюмировать это так, что природа и эволюция к тому, что мы, люди, натворим своим трудом, научно-техническим прогрессом и мышлением - нас самих не вполне подготовила. К сожалению, наверное.