Увеличение интенсивности "прихода" воды, в большинстве случаев связано с таяниями снегов или атмосферными осадками. Почва насыщается водой, соответственно, уровень воды в колодца поднимается. Летом, уровень воды должен стабилизироваться.
Высокий деби́т колодца - показатель правильно выбранного места на участке. Если у вас есть желание сократить деби́т искусственным путем, делать это нежелательно, и может привести к нарушению эксплуатации источника.
А зачем счетчик в колодце?