Что делать с машиной в metro exodus, если с ней по сути ничего нельзя сделать?

Ничего делать с ней не надо. Она пригодится для более быстрого(и безопасного) перемещения по карте.

Если она вам встретилась закрытой - просто пройдите дальше, в здани получите ключ и сможете ей воспользоваться.