Добрый день!
Немного неясна суть вопроса. В режиме полеты работает центральный процессор смартфона? Так он и должен работать. Режим полета лишь отключает телефон от мобильной сети, во время чего вы будете "недоступны" для звонков. А сам телефон должен продолжать работать. В том и суть смартфона и его отличие от простых кнопочных телефонов: в расширенных возможностях и оптимальной работе при всех режимах.