Что делать, если умер один из учредителей НКО?

Выйти из состава можно только по личному заявлению - это требования закона о НКО. Это пробел законодательства.

П. 3 ст. 15 ФЗ о НКО "Если иное не предусмотрено федеральным законом, учредители (участники) некоммерческих корпораций, учредители фондов и автономных некоммерческих организаций вправе выйти из состава учредителей и (или) участников указанных юридических лиц в любое время без согласия остальных учредителей и (или) участников, направив в соответствии с Федеральным законом "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" сведения о своем выходе в регистрирующий орган"

Практические действия:

1. Понять возможность функционирования НКО без учредителя. Учредители в НКО это инициативная группа, которая создала некоммерческую организацию.
2. Если органы управления дееспособны, возможно принять ключевые решения. Например пополнение членства и смены руководителя. Создав условия при которых умерший учредитель будет числиться, но этот факт не будет негативным для НКО и его голос не требуется.
3. Можно попробовать обратиться в суд и исключить учредителя по суду, но только если органы управления дееспособны, т.е. есть кому законно подавать в суд.

Если все это невозможно. Создать анологичную нко с такими же целями и задачами, а из старой выйти всем живым учредителям.