Прежде всего необходимо определить системные это ярлыки или же это ярлыки установленных приложений. Если речь идёт об установленных приложениях: "Свойства" -> "Сменить ярлык" -> <Корневая папка приложения> -> И здесь указать исполняемый файл приложения в формате .exe, либо файл иконки в формате .ico. Если речь идёт о системных приложениях - в моих ответах есть упоминание программы "CustomizerGod" - она может помочь вернуть все иконки ярлыков к исходным значениям.