Здравствуте!
Тут либо неиспавен тюнер, либо Вы ещё не "приблизились" к той ноте, на которую желаете настроить струну, если Вы пользуетесь не хроматической (тюнер показывает все ноты по полутонам) функцией, а гитарной (тюнет показывает только ноты Ми, Ля, Ре, Соль, Си, Ми).
Ещё есть такое понятие как обертоны и гармоники (коротко говоря – это ноты из которых состоит одна нота, как белый свет состоит из 7 цветов). Вот дешёвые китайские тюнера могут "ловить" вместо нужной ноты его обертоны.
Тюнер показывает все правильно, просто вы не дотянули струну, тяните еще, после D вы увидите заветную E, это на хроматическом режиме, если поставите в режим гитара, то тяните пока не увидите 1E :)