Возможно , вы не до конца выполнили пошаговую процедуру подготовки слоев с оригиналом и донором. Либо не выделили эти слои при попытки автоналожения.
Постоянно пользуюсь в ФШ этой функцией
И сегодня столкнулась с этой проблемой впервые
Оказалось, одна из картинок была в режиме CMYK
переставила галочку на режим RGB и кнопка автоналожения слоёв стала активна