Нет, неправда. Никакой проверки по единичному случаю не будет. Только если в целом по школе средний балл по предмету будет существенно отличаться от средних результатов ВПР, школе могут задать вопросы.
Проверять каждого ученика никто не будет, это слишком большая работа.