Атом - наименьшая часть химического элемента. Химический элемент - совокупность атомов (включая изотопы) с одинаковым зарядом ядра и количеством электронов. Производить манипуляции с химическим элементом нельзя, потому что "химический элемент" - обобщающее понятие. Манипуляции можно проводить с атомами химического элемента.
Молекула - наименьшая порция вещества, обладающая его свойствами. Например, простое вещество водород прндставляет собой молекулу, состоящую из двух атомов водорода. Кислород - из двух атомов кислорода. Озон - из трёх атомов кислорода. Аргон - из одного атома аргона. Если взять отдельный атом например, водорода - он не будет обладать свойствами вещества водорода, а двухатомная молекула - будет.
При достаточном сближении и/или наличии достаточной величины энергии молекулы, как и атомы, будут взаимодействовать друг с другом. Если взаимодействующие частицы обладают достаточной величиной энергии, будет протекать ядерная реакция - процесс получения новых элементов из имеющихся.
Отдельно взятая молекула или группа молекул может быть расщеплена при наличии внешнего воздействия: температура, свет, электрический ток, другие атомы и молекулы и т.д.
Отдельно взятый атом мли группа атомов могут быть расщеплены на атомы более лёгких химических элементов, например, бомбардировкой их частицами с высокими энергиями или за счёт присоединения нейтронов - с образованием радиоактивных изотопов, которые сами превратятся в другие химические элементы при распаде.
Также при бомбардировке атомов частицами с высокой энергией могут образоваться атомы более тяжёлых химических элементов.