Все зависит от того, когда вы хотите полноценно начать эксплуатировать свой сруб и насколько часто вы готовы заказывать и оплачивать некоторые строительные работы, которые придется проводить по несколько раз. Есть варианты: например, вы не планируете оперативно начинать использовать свой сруб. При условии, что сруб сделан и собран качественно. То есть в срубе сделано все, чтобы процесс усадки и усушки шел в штатном режиме. В доме ничего не мешает усадке, как появляющиеся зависания и перекосы конструктивных элементов сруба. В этом случае для экономии денежных средств и для того, чтобы не конопатить сруб много раз -делайте конопатку после усушки и усадки. Если же вы хотите заехать в сруб до окончания усадки, хотите жить в комфорте, без сквозняков и теплопотерь- вам придется его конопатить сразу. В этом случае процесс конопатки придется через какое-то время повторить: тогда, когда межвенцовые зазоры снова увеличатся.
Прежде всего стоит знать о правилах укладки утеплителя: https://mezhvencov.ru/statyi/stroitelstvo/pravila-ukladki-mezhvencovogo-uteplitelya.html
После усадки образуются небольшие щели, их просто конопатим остатками джута.