Главное отличие статистике в Я.Директ и Я.Метрики - это принцип учёта. В Директе главная цель - учесть КЛИКИ, за которые заплатил рекламодатель. Я.Метрика ведет учёт ВИЗИТОВ на сайт. Таким образом, учитывают все посещения, даже:
если визит был прерван долгим бездействием и после возобновления работы зафиксирован как новый визит