Насколько мне известно, боксёрские шорты длиннее, закрывают колено, и имеют широкую резинку на талии. Зачем? Не знаю. Беговые шорты очень легкие, резинка там маленькая и аккуратная, длинна покрывает значительно меньшую часть бедра. Возможно есть отличие в ткани.