Сайты закидывают вам куки, чтобы отслеживать Ваше поведение. Таким образом можно узнать чем Вы интересуетесь, Ваши предпочтения, когда Вы заходили на сайт.
С точки зрения безопасности тут каждый должен принимать решение для себя сам. Большинство угроз и атак с использованием куки современные браузеры блокируют. При наличии нормального антивируса, вообще вероятность заразиться просто зайдя на сайт минимальна.
Из неприятных эффектов использования куки можно отметить попытки психологического давления на потенциального покупателя.
Пример: Вы интересуетесь билетами на самолет в какой-то город. Вчера зашли посмотрели стоимость и расписание рейсов, а сегодня тот же сайт начнет, при заходе на него, начнет писать, что на выбранное Вами направление осталось мало билетов надо срочно брать, пока есть чего.
При этом может получиться, что вчера билеты стоили дешевле, чем стоят сегодня. Это давление и многие сайты активно этим пользуются.
Ничем. Владелец сайта как продавец из магазина видит чем интересовался этот пользователь. Всё! А спрашивают потому, что данные хранятся у пользователя.