В первую очередь нитраты и фосфаты, поступающие в почву с удобрениями. Потом бактерии из соседних септиков. Это если колодец не глубокий и грунт легкий (песок, суглинок). Если рядом есть полигон ТБО, даже закрытый, лучше бурить скважину, и чем глубже, тем лучше.
Анализ:
Нитраты, нитраты, аммиак, фосфор, коли-, тяжёлые металлы и прочая бяка
Сделать анализ на азот можно самостоятельно, с помощью экспресс-теста, который продается в Леруа и других местах. На бактерии можно в любой лаборатории, обладающей оборудованием для этого.