Множеством совершенно разных причин. То что объединяют под названием "скрипы Земли" это самые разные звуки из самых разных мест. Где-то они могут вызываться тектоническими процессами, где-то отраженным гулом далекого завода, где-то чем-то еще.
Самая частая причина, впрочем, банальный фейк. На большинстве роликов на ютубе с этими скрипами либо нет людей кроме снимающего, либо, если они есть, они никак не реагируют на странные громкие звуки. Потому что никаких звуков в это время не было, а были они только в отдельной записи автора ролика, и эта запись была наложена на видеоряд позже.
По одной из версий, так называемые "скрипы Земли" могут служить косвенным сигналом о скорой смене магнитных полюсов. К сожалению, ученые пока не в состоянии ответить на вопрос, откуда возникает этот звук.