Вопрос философский.
Человечество пришло в мир, который многие сотни миллионов лет уже был заселен микробами.
Бороться со всеми микробами невозможно и бессмысленно. Бороться надо с болезнетворными бактериями, которые у конкретного человека или группы лиц могут вызвать заболевания.
Средства борьбы известны давно: асептика, антисептика, антибактериальная терапия.
Я еще отмечу то, что часто помогает профилактика заболеваний, вызываемых бактериями - та же закалка, соблюдение правил личной гигиены, некоторые профилактические прививки.
Да и заболеваемость у людей разная, кто-то легко заболевает, а кто-то даже при обширном микробном обсеменении не заболеет.
Это зависит от состояния здоровья, от работы системы врожденного иммунитета.
Ну и кстати, теперь можно даже оценить как может сработать иммунитет на бактериальную или вирусную инфекцию используя генетический тест, в котором будет оцениваться полиморфизм (мутация) в тех или иных генах, ответственных за работу иммунитета.