Было. Как выше написали, имея бесчисленный сонм богов, от прибавления одного-двух к нему особо ничего не менялось. Опять же бытовало мнение, что все верят в более менее одних богов, наделяя их разными именами. Так Юлий Цезарь писал, что галлы более всего почитают Меркурия, наделяя его иным именем. Правда вот есть два НО, относительно Римской Империи и религии:
Первое - уничтожение культа друидов. Римляне буквально выжигали религию кельтов, для них случай беспрецедентный. Тут следует помнить, что делали они это не из религиозных чувств, а из чисто прагматических. Друиды в галлии пользовались властью, едва ли не большей, чем правители, соответственно составляли немалую идеологическую конкуренцию новой римской власти. Соответственно по этим, идеологическим, причинам институт друидов подвергся уничтожению.
Второй пример описан выше - это христианство. Так же причины были сплошь идеологические, христианство изначально появилось как некоторая оппозиция власти в Иудее, оппозиция римской власти. По сути маленькая подрывная организация, само собой их гоняли. Тем более, что кроме отрицания власти человеческой, они еще и отрицали всех богов, кроме своего... ну то есть - конец известен. Опять же в этом плане Римская Власть в итоге прибегла к знатному троллингу: "Не можешь остановить беспорядки - возглавь". Полагаю первые христиане сами от такого оборота были бы не в восторге.