Сами фамилии родов имеют аналогии: Болконские - Волконские, Курагины - Куракины. Прямых прототипов нет, Толстой создал довольно новый тип психологического романа, поэтому герои и события не имеют никаких прямых аналогий, кроме элементов биографии самого Толстого.
Пьер не является прямым альтер эго Толстого, как например Левин в "Анна Каренина". Я бы сказал, что его альтер эго наиболее концентрированно размыто между Пьером и Николаем Ростовым. Николая Ростова он любит, проходится довольно жестко по нему, но любит. Поэтому допускаю, что в него он вложил многие черты себя молодого, копируя собственную глупость, максимализм, позерство, и из него он потом делает строгого и справедливого, трудолюбивого и любимого крестьянами барина.