Будет ли нарушением патентного права, использование его в международных водах или другой территории не принадлежащей никакому государству?

Все патенты имеют территориальное действие. Национальные патенты распространяются на территорию конкретной страны, региональные - на несколько государств. При этом международных патентов не существует.
Таким образом, на территории, не пренадлежащей какой-либо стране, патент силы иметь не будет и использование запатентованного решения не будет признаваться нарушением прав.
Что касается нейтральных вод, на судне будет действовать закон той страны, которой оно принадлежит. Если в этой стране есть действующий патент, то может быть установлено нарушение патентных прав.