Болезни, конечно, существовали всегда. Деятельность человека, конечно, способствует распространению болезней, но это потому что нас местами очень много. И любые организмы, когда их становится слишком много, они болеют гораздо чаще. В копролитах древнейших предков вообще млекопитающих всех, которым 300 млн лет с чем-то, тоже находят яйца тех же аскарид. А аскариды эти и сами источник всевозможных болезней, и переносчик всевозможных болезней. Учитывая, что наш геном на 1/3 состоит из генов, которые нам достались от еще более древних бактериальных предков, то бактериям, которые в большей степени являются источником наших заболеваний, договориться с любыми нашими генами гораздо проще, чем даже нам самим.
Болезни не существуют сами по себе. Они являются результатом нарушения естественного образа жизни человека. Как только человек приходит к разумному образу жизни - то, что принято называть болезнью - исчезает.
Ответ - нет и нет. Не всегда, так как с вероятностью и сама жизнь существовала не всегда (а возбудители болезней, вирусы и бактерии, это живые существа), но эти формы жизни появились задолго до самого человека.