Бьет, и достаточно часто. Но так как самолет при этом обычно летит, то есть не касается земли, и от этого не "заземлен", то основной "поражающий фактор" молнии, огромный высвобождающийся ток через предмет, в который она ударила, на самолет не действует. Обычно след удара молнии в самолет это отверстие, толщиной примерно с карандаш, в его внешней обшивке. Как правило это даже не приводит к заметной потере герметизации, и ощущается, как несильный удар по корпусу. Обычно факт того, что в самолет ударяла молния обнаруживают уже техники на земле, при штатном предполетном осмотре.
Как уже сказали, молнии бьют в самолеты вполне успешно. Вот недавно даже было: meduza.io
При этом самолеты тут продолжали полет без каких бы то ни было последствий для пассажиров.