Сошлюсь на ст. 333.18 НК РФ
Государственная пошлина уплачивается по месту совершения юридически значимого действия в наличной или безналичной форме.
При наличии информации об уплате государственной пошлины, содержащейся в Государственной информационной системе о государственных и муниципальных платежах, дополнительное подтверждение уплаты плательщиком государственной пошлины не требуется.
То есть, если вы уже оплатили госпошлину в одно городе и срочно уехали, вам можно либо обратиться за возвратом госпошлины, либо получить услугу по месту нахождения.
Факт повторной уплаты пошлины противоречит закону и здравому смыслу, поэтому вы не обязаны платить повторную госпошлину.