Добрый день
При формировании декларации и указании данных по доходам на основании 2-НДФЛ, предоставленные вычеты работодателем обязательно нужно указать, т.к. эту сумму работодатель не перечислил в бюджет с вашего дохода. Если вы по декларации не отразили предоставленный вычет работодателем, то в этом случае у вас возникает не доплата по налогу, поэтому возникает сумма к уплате.