У Екатерины отношение к масонам прошло две фазы. В идеологии эпохи Просвещения в интеллигентной среде доминировали две тенденции - мейнстрим и мистическая оппозиция. Мейнстрим характеризовался крайним скептицизмом, материализмом и цинизмом, ирония была главным методом отражения реальности и применялась ко всему. Екатерина старалась быть на пике настроений культурной западной общественности и следовала поэтому за Вольтером и энциклопедистами.
Масонство выступало в Европе того времени скорее в качестве формы для любых идей. Кроме лож, дамских салонов и мужских "клубов" английского образца, у интеллектуалов вообще не было других площадок. Ложи были светские, придворные, военные, мистические, научные, для пьяниц, для святош и т.д. - в полной зависимости от того, кто там состоял. Но журналисты вольтерьянского мейнстрима (сперва в Германии, а потом во Франции) уже к 1770-м гг. сумели создать вокруг масонства ореол мистики, консерватизма, ханжества, жульничества и всякого прочего тартюфизма. Поэтому и Екатерина первоначально относилась к масонам презрительно - как будто все они были Калиостро, жулик, по ее мнению. Про это написаны и ее пьесы (под впечатлением "Тартюфа", конечно).
После 1782 г. ее стали атаковать разные придворные группы разговорами о тайной присяге руссих масонов шведскому королю Карлу XIII, потому что подавляющее большинство русских масонов работали в ложах "шведской системы". В Москве же действовал кружок Новикова - розенкрейцеры, которых обвиняли в чернокнижии и клятвах верности Фердинанду Брауншвейгскому. По ошибке их называли "мартинистами", а Екатерина - "мартышками". Перед самым началом Французской революции Екатерина по-доброму попросила петербургских масонов прекратить собрания, а у московских мартинистов отняла издательские мощности. У их лидера Новикова и так накопилось много "прегрешений" перед царицей и церковью. После начала революции первые же французские эмигранты стали везде разносить слух, что ее устроили масоны, и отношение к ним в России сменилось с презрительного на откровенно ненавистническое. Впрочем, запреты масонской деятельности были из-за Французской революции введены в 1789-1815 гг. почти во всех европейских державах, включая Англию.