Бывали ли в истории случаи когда государство полностью уничтожало город с мятежниками?

Ну это скорее относиться не к действиям государства против своих граждан, а к завоевателям, которые вынуждены в течении длительного времени осаждать непокорный город, и как правило, потом разоряли его почти дотла.

Про Карфаген, Магдебург, Безье и Херсонес уже написали.

Такому варварскому отношению подвергся и Теночтитлан – столица ацтеков. Первая попытка штурма города войсками Фернандо Кортеса в 1519 году оказалась неудачной. Тогда, заручившись поддержкой воюющих против ацтеков племен, испанцы начали новое наступление. В результате 70-дневной осады в 1721 году город пал, половина его была разрушена, убито более половины жителей города. (оставшимся в живых разрешили уйти, когда испанцам выдали местонахождение золотых запасов). На этом месте впоследствии был выстроен Мехико.

Еще один городом, пострадавшим в Средние века (хотя и не до конца разрушенным) стал Остенде (Бельгия). Это время Нидерландской революции, когда город восстал против испанцев (!). Город в 1601 году выстроил укрепления, осада длилась три года (!), однако испанцам удалось прорвать оборону жителей. Было убито 120000 человек, четверть из которых были мирными гражданами. Эту осаду назвали «длинным карнавалом смерти».

В этот ряд можно поставить и осаду монголами Багдада в 1258 году. После взятия города захватчиками в течении недели не прекращались грабежи и убийства.

Осада и взятие Иерусалима в 1099 году в результате крестового похода – тоже страшная страница в истории, сопровождавшаяся убийствами, грабежами и разорением города.

Во Франции в 14 веке в период Жакерии (крестьянской войны), был полностью разрушен город Мо. (1358 г.)

Массовое убийство в Мо. Миниатюра из книги Фруассара.

В принципе, можно много примеров привести, когда захватчики уничтожали город почти полностью.

В нашей истории тоже были такие примеры. В частности, город Козельск во время монгольского похода в 1238 г. семь недель держал оборону. После падения города все его жители были уничтожены, а монголы назвали Козельск «злым городом».

Были и случаи переименования в результате мятежей и крестьянских войн. Так река Яик стала Уралом по указу Екатерины II в 1775 году после поражения войска Емельяна Пугачева, чтобы даже название не напоминало о прошедших событиях.