Софья, будучи очень умной женщиной, намеревавшейся править всерьез и надолго, прекрасно знала историю своей страны. И она знала, как одни слухи о том, что Борис Годунов замешан в убийстве царевича Дмитрия, подорвали легитимность его династических устремлений. Со эпохи Смутного времени не прошло еще и ста лет, память о самозванцах еще была очень крепка. И Софья понимала, что в случае убийства Петра она гарантированно столкнется со множеством Лжепетров, один из которых может оказаться вполне удачливым. К тому же изначально Петр вряд ли казался ей серьезным соперником, ведь по сути, все его преимущество перед братом Иваном заключалось только в более крепком здоровье.
Что касается идеи возвести себя на царство, то Софья тщательно готовилась к этому, инициировав поиск идеологического обоснования своего права на трон. Симеон Полоцкий, братья Лихуды работали в этом направлении, устанавливая параллели между Софьей Алексеевной и Божественной Премудростью (ведь по-гречески София - это мудрость). В таких условиях она меньше всего была заинтересована в том, чтобы запятнать свое имя подозрениями в братоубийстве. Собственно кризис 1689 года, в результате которого Петр пришел к власти, изначально и был спровоцирован им, а не Софьей, которая надеялась, что еще несколько лет (а то и меньше) - и она коронуется и станет полноправной царицей.