Почему Софья (регентша при маленьком Петре и Иване) не приказала убить Петра во время одного из устроенных ей бунтов?

Тут несколько причин. Одна из главных, - Государь - помазанник божий. Т.е., покушение на государя - святотатство. При тогдашней религиозности цареубийство - чуть не самый смертный грех. Сама Софья, воспитанная весьма по-западному, может быть и решилась бы на это, но где взять исполнителей? Это же смертнички, толпа разорвёт голыми руками. Вторая причина - царей охраняли верные люди. Много верных людей. Потенциальный убийца не подобрался бы к Петру.