Перечень научной и научно-популярной литературы по этому вопросу будет очень большой, так как в эти века произошли события, которые традиционно притягивают внимание исследователей и привлекательны для широкой читательской аудитории. Это период, когда правили цари Иван Грозный, Борис Годунов, первые Романовы: Михаил, Алексей, Фёдор, София и её малолетние братья – Иван и Пётр, Смутное время с самозванцами и иностранной интервенцией, а также религиозная реформа, повлекшая за собой раскол в церкви и обществе. По каждой из этой (и еще многих других) тем написана не одна сотня трудов. Приведу список монографий из моих фаворитов. Не все из них классические, часть работ в той или иной степени были или остаются провокационными, так как авторы дают свою трактовку событий, часто отличающуюся от закреплённого мнения.
Литература, проверенная временем, но не потерявшая своей актуальности:
Зимин А.А. Опричнина Ивана Грозного. М. 1964.
Зимин А.А. Реформы Иван Грозного. М. 1960.
Тихомиров М.Н. Российское Государство XV-XVII веков. М. 1973.
Платонов С. Ф. Очерки по истории Смуты в Московском государстве XVI--XVII вв. М. 2020 (это одно из многих переизданий 1927 г.).
Россия XV-XVII вв. глазами иностранцев. Л. 1986.
Скрынников Р. Г. Смута в России в начале XVII в. М. 1988.
Скрынников Р. Г. Борис Годунов. М. 1978.
Сравнительно новые исследования:
Богданов А.П. Несостоявшийся император Федор Алексеевич. М. 2009.
Богданов А.П. Царевна Софья и Пётр. Драма Софии. М. 2008
Козляков В.Н. Московское царство. СПб. 2019.
Козляков В. Н. Царь Алексей Тишайший. М. 2018.
Козляков В.Н. М.: Молодая гвардия, 2018.
Лобачев С.В. Патриарх Никон. СПб. 2003.
Ульяновский В. Смутное время. М. 2006.
Ещё раз повторяю, что песчинка в море, то, что запомнилось и с удовольствием готова перечитывать. Многие из этих книг есть в электронном доступе. А тематические сайты часто связаны с реконструкторским движением и есть В контакте.