На этот вопрос можно отвечать с точки зрения разных культур, традиций и религий. Если собрать общее из язычеств разных народов, то можно несколько вариантов предложить:
Острое железо. Во многих культурах вредоносные духи не очень любят железо, особенно острое. Это могут быть топоры, ножи или же иголки, над порогом, под порогом, под кроватью, на подоконниках. В общем по периметру жилища, и в особо охраняемых местах (детская кроватка, своя кровать).
Священные породы дерева. Как просто висящее над тем же порогом в качестве оберега (рябина, дуб, тис, омела - тут перечислять долго, у разных народов по разному), так и окуривание (можжевельник везде так использовался, а где-то до сих пор используется).
Конечно же и травы. Зверобой, полынь, чертополох, крапива, тысячелистник... Тоже, как вязанки трав, перевязанные шерстью над порогом (на окне), так и окуривание.
Очистительные ритуалы. Будь то: омовения в реках, у источников, в росе, окуривания дома, обход дома со свечой, с головнёй, с золой. Окропление дома водой (впоследствии святой водой из церкви).
Кратко, но в общих чертах так. Более подробно про обереги именно в кельтской (ирладской и шотландской) культуре можно прочитать в статье: Шин — традиционные чары и обряды благословения и защиты
По славянскому ареалу сходу могу вспомнить только недавно прочитанную мной статью: Контакты человека с демонами болезней: способы защиты и избавления от них.
Конечно в архаичных способах защиты описано многое из того, что трудно применить в современности. По банальным причинам - у нас сейчас в городах днём с огнём не найти очага в доме или колодца. Так же трудновато будет с поиском каких-либо ингредиентов для оберегов (коровий послед, последний сноп урожая). Но самое топорное (топор над дверью) мы можем использовать и сейчас.
Ну и ещё дополню, это немаловажно. В архаичные времена, логично и рационально, много времени уделялось банальной чистоте дома. С одной стороны это имеет и не мистические причины (распространение клопов, вшей, болезней - тоже нечисть та ещё), с другой ,конечно, неопрятный дом с бардаком внутри привлекает всякое нехорошее. Так что наилучшая защита дома от нечисти - еженедельная генеральная уборка. Да, выглядит совсем не антуражно и не магически, но результат отменный, проверено веками.