Институт продолжает традиции российского славяноведения, история которого насчитывает более двух веков. В 1931–1934 гг. в Ленинграде существовал Институт славяноведения АН СССР, директором которого был академик Н. С. Державин. Институт был воссоздан в Москве в конце 1946 г. и начал работать в январе 1947 г. В его создании непосредственное участие принимали выдающиеся слависты — академики Б. Д. Греков и В. И. Пичета. В 1968–1997 гг. он назывался Институтом славяноведения и балканистики.