Потому что он стимулирует работу кишечника. А делает это он именно когда одновременно с ним ничего не пьешь и не ешь. Если вместе с кефиром или после него съесть булку или бутерброд, этого эффекта не будет или он будет меньше. Вот и выходит, что такой прием проще всего осуществить именно поздно вечером.
Те, кто говорят, что пользы нет, просто ограничили пользу потреблением определенного количества полезных веществ и считают, что это всё. Питание это не просто поглощение жиров, белков и углеводов плюс микроэлементов. Это очень сложный и многогранный процесс, включающий в себя, кстати, такой фактор, как удовольствие. Да-да! Если человеку просто приятно выпить на ночь кефир, то это тоже полезный эффект, хотя непосредственно с процессом пищеварения и не связанный.
Тут нужно брать баланс пользы и вреда. Скажем, сковороду жареной картошки тоже съесть приятно, но баланс будет в сторону вреда. А у кефира - наоборот.