Не совсем моя тема, но по моему Росреестр отказал правомерно. Для меня, как для юриста, всё логично.
Возможно Вам нужно как-то взять помещение на баланс ИП и перезаключить договор… Я бы на Вашем месте прям позвонил в Росреестр, объяснил ситуацию и проконсультировался с ними на прямую. Ничего страшного в этом нет.