Они и должны работать вместе. Но, грамотно.
Повышая участие пользователей Директом ты повышаешь вовлеченность в сайт и улучшаешь поведенческие факторы. Сайт начинает показываться чаще и народ делает на нем действия. Это оказывает положительную динамику и на SEO поисковую оптимизацию. Однако, стоит учитывать, что посадка для Директа и посадка для робота должна быть одна.