В чем плюсы R как языка программирования?

Я не много и довольно давно имел дело с R.

Плюсы его как инструмента для статистических вычислений перечислены Андреем и не согласиться с ним невозможно.

Упомяну, однако, ряд скорее негативных особенностей R именно как языка программирования:

1. Это динамически типизированный язык: попытки оперировать с данными несвойственным их типу образом (например, извлекать корень из строки символов) будут выявлены только во время исполнения программы.
2. Довольно слабая система типов - скаляры могут интерпретироваться как векторы; можно складывать векторы разной длины и т.п.
3. Ленивые вычисления: любые части вашей формулы вычисляются только тогда, когда обнаруживается, что это нужно для получения результата.

Все это вместе позволяет писать очень емкие и читаемые программы, но сильно затрудняет их отладку, особенно когда их размеры и сложность растут. Поэтому о серьезном программировании на R речи скорее не идет - это язык для быстрого решения задач статистической обработки данных путем компоновки методов, предоставляемых готовыми библиотеками.