Зависит от конкретного функционала этих должностей в конкретной компании. Если директор по маркетингу занимается стратегическими вопросами, то подчиняться он должен генеральному директору, если занимается только продвижением, то можно его и под коммерческого.
Подчинение директора по маркетингу коммерческому, как правило, приводит к тому, что маркетинг сводится к локальной работе по поддержке продаж (продвижение, аналитика), в некоторых компаниях это приемлемо, но в идеальной, думаю, маркетинг должен быть более глобальным.