Если новые веточки активно растут - шалфей не сильно болен. Какой размер, цветность, характер пятен - это надо видеть и щупать... Но в любом случае - условно - темная пигментация - скорее всего грибок, к сожалению. Бороться с ним - обрезать больные листья частично и полностью. мягко и методично уменьшить полив и сделать его системным. Грибок начал развиваться во время дисбаланса освещения, температуры и полива, возможно на фоне тощей почвы - это классика. Также можно подкормить растение - если почва истощенная и разубоженная. Еще именно для шалфея добавить извести в почву. Пробуйте отрегулировать режим полива и освещения - как только начнет получаться оптимум - баланс - шалфей перестанет болеть, а вы получите настоящую радость!