На данном фото живые и перспективные корни только те, что белого цвета. К сожалению, все остальное уже подвержено гнилостным процессам. Их нужно удалить. Обработать каким-нибудь фитонцидом того что останется, только строго по инструкции. И собственно, можно и садить в грунт.
Что могло случиться. Судя по всему пока Вы были в отъезде, корни авокадо каким то образом остались без воды) высохли…. Потом воду долили и отмершие корни дали пищу для бактерий.