Можно ли использовать фразу «установить соглашение» в значении «принять соглашение/договор»?

Степан, соглашение не устанавливается и не принимается:)

Лучше использовать фразы либо "заключить договор", либо "заключить соглашение", в зависимости от того, что Вы собрались заключить. Это грамотно.