По сути дела, очень немногим. Сегодня слово "трансформация" все чаще используется как синоним слову "эволюция". Однако хочу подчеркнуть, что до недавнего времени словосочетание "трансформация языка" не существовало как термин вообще. Существовало же словосочетание "языковые трансформации", которое имеет несколько значений.
Трансформация в лингвистике - это:
1) исследовательская операция, призванная аргументировать то или иное предположение. Например, трансформация активного залога в пассивный, трансформация словосочетания в предикативную структуру и т.п.
2) последовательность переводческих операций, в результате которых создается текст на ином языке.
Между тем, Вы правы. Сегодня все чаще, в том числе и лингвисты, оперируют понятием "трансформация языка", которое предполагает "изменения, преобразования, модификации", в нем происходящие.
Насколько оправдано подмена эволюции трансформацией? - Полагаю, что некоторые основания для этого существуют. Сегодня слово "трансформация" используется при описании языковых изменений, которые происходят на наших глазах, т.е. очень быстро. Слово "эволюция" не подходит для этого, поскольку предполагает постепенные изменения в течение относительно большого промежутка времени.