Сложный и долгий вопрос, между ними очень много различий, но при этом имеются и сходства, поэтому, надеюсь, без возражений, я приведу их вкратце, и не все:
– Сословность. Самурай – Это в свою очередь сословие, которое с некоторого момента было очень привилегированной, было в почете, и они прямо было и в эпоху Эдо правящим классом. В очередь Ниндзя(Синоби) были, если можно сказать, третьим сортом(Каста низших "Эта")
– Специализация. Самурай – Это, в первую очередь были военные генералы, войны, служилые, политики и их "долг" в войне, а синоби были ближе к шпионам, диверсантам , и сборщикам информаций, убивали в крайнем случае.
– Отношение в народе. Было немного сказано выше, но я выделю отдельно. Самурай привилегированные, ими быть почётно, многие в люид сбегали из дому чтоб ф стать самураями, а ниндзя считали отродьем, многие с ними не хотели иметь дело, т считали это выше своего достоинства (хотя крестьяне могли наоборот помогать ниндзя, и недолюбливать самураев).
– У ниндзя нету своего "бусидо", если самурай - сословие, то ниндзя часто объединялись в кланы, и поэтому у каждого клана было 'свое бусидо" и разительно отличается от "самурайских"
– Численность.Если самураев было много, от высших до низших, то ниндзя не могли этим похвастаться, точные цифры не помню, но в знаменитом клане "Ига, было около 3 тысяч ниндзя, что, естественно, мало, даже если цифру умножить на 2×