Оба варианта нормальные. Можно попытаться выиграть грант на обучение в Японии и после окончения вуза пойти собеседоваться. Можно просто стать крутым специалистом в России и претендовать на вакансию в Японии. Большинство моих знакомых использовали именно второй вариант. Но смотреть будут на опыт работы, не на формальное образование.