Всё очень просто, Итан так сказать "Не добил" Джека Бейкера, а выжил он благодаря регенерации и мутации тела, что сработала в последний раз, переродившись в Болотного человека. Встретив первоначальную личность Джека в ячейке коллективного разума, он раскаивается в своих действиях и говорит, что никогда не причинил бы Итану вреда, если бы не влияние Эвелины. Он проявил симпатию к Эвелине, сказав Итану, что все, чего она хочет, - это создать семью, а потом просит Итана убить Эвелину, освободив свою оставшуюся семью. В ячейке коллективного разума по догадкам он пробыл до Финала оригинальной игры и остатки своего разума вернулись в мутировавшееся тело. Затем идут события DLC "Конец Зои". Вот и ответ на вопрос.