Такого рода ипотека допустима. Это может быть ипотека в одном банке или два ипотечных кредита в разных банках. Также стало возможным приобрести ипотеку на 2 квартиры военнослужащим на основе военной ипотеки. Этот процесс трудоёмкий и лучше настроить себя заранее к подготовке большого количества документов.
Источник: https://rx24.ru/finansy-kredit/mozhno-li-vzyat-v-ipoteku-2-kvartiry.html
Если у квартир нет единого кадастрового номера (так бывает, когда квартиры объединили), то банк будет рассматривать каждую квартиру по отдельности.