Для маленьких графиков можно использовать NetworkX + Matplotlib.
Если хочется интерактива, поможет связка NetworkX + Plotly.
Если же ребёр планируется много, лучше всего обрабатывать данные в NetworkX и потом строить графы в Gephi.
Алексей Гайдабура, студент Skillbox